Si j'ai bien compris tu a 2 version d'After Effects installées sur la même machine, du coup c'est pas impossible que quand tu installes un plugin, ce plugin choisisse une de ces 2 versions pour laquelle il va s'installer.
Tu devrais désinstaller CS3.
Sinon, tu peux essayer de copier les fichiers de ton extension directement dans le dossier plugins d'After Effects, voici quelques exemples :
Dossier plugins After Effects a écrit:C:\Program Files (x86)\Adobe\CS3\Adobe After Effects CS3\Support Files\Plug-ins
C:\Program Files (x86)\Adobe\Adobe After Effects CS4\Support Files\Plug-ins
C:\Program Files\Adobe\Adobe After Effects CS5.5\Support Files\Plug-ins
Ce chemin peut varier en fonction des versions (32bit, 64bit).
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