Ca dépend, tu veux un rendu vraiment réaliste ou un effet décallé, style cartoon, comme ça :

Dans le premier cas c'est très difficile, superposer le nouveau visage à la vidéo de base ne pose aucune difficulté, le problème c'est que les mouvements de la caméra doivent être identiques sur les deux vidéos.
Par exemple si sur ta vidéo de base la caméra tourne autour du sujet, il faut qu'elle tourne aussi dans la seconde, sinon le visage va garder la même orientation, comme si c'était une image collée sur l'objectif.
Dans le second cas c'est facile, tu découpe le visage, tu le superpose à ta vidéo de base et tu anime la position pour que le nouveau visage soit toujours au dessus de l'ancien.
"Si tu veux me parler, envoie-moi un... FAX !" - George Abitbol